购买注意事项：选择购买微生物肥料时，需要检查是否有生产许可证，同时检查肥料的质量是否达标以及是否超过保质期。
存放注意事项：存放过程中，避免阳光直射，避免雨淋，以干燥通风处存放为宜。
使用注意事项：严禁和杀菌剂与种衣剂混用，使用前需采取合理农业措施，改善土壤环境，从而更好的发挥微生物肥料的作用。使用时，需严格按照说明书进行操作。
一、购买和使用微生物肥料的注意事项
1、购买注意事项
（1）选购时要看证
要想选择质量有确保的微生物肥料，首先要看有没有农业部颁发的生产许可证或临时生产许可证。各省没有资格颁发微生物肥料的生产许可证或临时生产许可证。
（2）选择合格产品
国家规定微生物肥料菌剂有效活菌数≥2亿/克，大肥有效活菌数≥2000万/克，为了使生物肥在有效期末期仍然符合这一要求，通常生产厂商在出厂时应该有40%的富余。如果达不到这一标准，说明质量达不到要求。
（3）注意产品的有效期
（1）微生物肥料的核心在于其中的活的微生物，产品中有效微生物数量是随保存时间的增加逐步减少的，若数量过少则会起不到应有的作用。
（2）因此，要选用有效期内的产品，用当年生产的产品，坚决不购买使用超过保存期的产品。
2、存放注意事项
防止阳光直晒，避免紫外线杀死肥料中的微生物；应尽可能防止淋雨，存放则要在干燥通风的地方；产品贮存环境温度应避免长期在35℃以上和-5℃以下低温。
3、使用注意事项
（1）严禁与杀菌剂或种衣剂混放混用
对于种子的杀菌消毒，应在播种前进行，最好不用带种衣剂的种子播种。
（2）采取合理农业措施
①通过合理农业技术措施改善土壤温度、湿度和酸碱度等环境条件，保持土壤良好的通气状态（即耕作层要求疏松、湿润），确保土壤中能源物质和营养供应充足，促使有益微生物的大量繁殖和旺盛代谢，从而发挥其良好增产增效的肥力作用。
②通常来说，有水灌溉的耕地比干旱地的效果好；有机质丰富、地力肥沃的土壤要比贫瘠的土壤效果好；松散透气、团粒结构好的土壤比板结的土壤效果好；温暖季节施用要比严寒低温施用效果好；与有机肥混合施用比不加有机肥效果好；集中施用（穴施或沟施）、近根施用比撒施效果好；单独施用比与氨态化肥、农药合用效果好；在作物生长过程中早施比晚施效果好。
（3）严格按照使用说明书操作
各种微生物肥料在使用中所采用的拌种、基肥、追肥等方式，应严格按照使用说明书的要求操作。
二、微生物肥料可以修复土壤吗
长期使用是可以修复的。微生物对修复金属污染、有机污染、盐碱化、荒漠化等土地都具有独特的功效。科学使用微生物肥料之后，可以降低农药的使用量，从而减少土壤中农药的残留量，保护环境。