番茄灰叶斑病主要危害叶片，很少危害茎。发病初期叶面布满圆形或不正圆形的暗褐色小斑点，呈水浸状，并沿叶脉向四周扩大，发展为不规则形病斑。
1、叶部受害症状：病叶上先出现褐色小点，渐发展为近圆形大病斑，轮纹不明显。后期病斑迅速扩大，轮纹不明显。病斑上着生小黑点，呈轮纹状排列，边缘暗色，易破裂或脱落。2、茎部受害症状：多从中上部的枝杈处发闰，开始为暗绿色水浸状，后变为黄褐或灰褐色不规则形斑，病部粗糙，边缘褐色，也有小黑点，轮纹不明显，易折断或半边枯死。严重的茎髓部腐烂、中空或仅残留维管束组织。3、果实受害症状：发病果实蒂部附近呈水浸状黄褐色凹陷斑，并产出深褐色轮状排列小点后果实腐烂。
番茄灰叶斑病主要为害叶片、叶柄、花梗、花萼、花瓣，以叶片为重，叶柄少见，不侵害果实。番茄灰叶斑病流行时，植株上、下部叶片同时发病。1、叶片受害症状：叶片上出现长径2～4毫米的灰褐色近圆形小病斑，病斑沿叶脉逐渐扩展呈不规则形，后期干枯易穿孔，叶片逐渐枯死。2、茎发病多在叶发病重的地方出现2毫米左右灰褐色近圆凹陷病斑，并逐渐干枯，造成植株不能正常生长。3、花朵受害症状：发病主要在花萼和花柄上出现2毫米左右灰褐色病斑。在花未开之前发病引起落花，不能坐果。4、果实受害症状：因叶片枯死，造成果实不能膨大，成熟时果实变黄红色，缺乏光泽。挂果后花萼发病不引起落果，但造成果蒂干枯。