大颗粒尿素相对小颗粒尿素粉尘含量低，抗压强度较高，流动性好，可散装运输，不易破碎和结块，适合于机械化施肥。同时大颗粒尿素施入土壤后溶解速度稍慢，在水田尤其是水稻种植中使用可沉入较深的土下，减少挥发损失，同时大颗粒尿素缩二脲含量低，这对作物有利。小颗粒尿素体积小，溶解速度较快，肥效发挥得也快，适合滴灌。
小麦追肥时，使用大颗粒尿素比小颗粒尿素好。
大颗粒尿素的溶解速度稍慢一些，适于做基肥，不宜做追肥和冲施肥施用。小颗粒尿素适用于各种土壤和各种农作物，可作为基肥和追肥施用。将小颗粒尿素作追肥使用时，尽量是条施或穴施，尽量不要撒施。做追肥时，小颗粒尿素的肥效要稍快于大颗粒尿素的肥效。而从损失的角度来比较，大颗粒尿素的损失较小，同时大颗粒尿素缩二脲含量低，这对作物有利。