平菇出菇阶段易被有害细菌侵染，发生软腐病、斑点病等细菌性病害，表现为菌袋表面色泽发暗、变软，伴有臭味，两头出现暗褐色水烂，常导致二茬菇出菇困难。
发病原因大致有以下几种：1.平菇采收后，在料袋表面形成伤口较多，为有害细菌侵染料袋创造了“通道”，加之部分菇农为了促进下茬菇来潮，而加大喷水，造成料袋两头湿度过大，或有水滴，也利于细菌性病害发生。2.受到连阴雨天影响，棚内相对湿度过大，通风不良，从而诱发该病的发生。3.有些菇农在料袋进棚前，未对棚室进行杀菌消毒处理，有害细菌在遇到适宜环境条件下侵害了菌袋。
建议菇农综合预防该病发生：1.菌袋进棚前对菇棚进行杀菌消毒处理，降低棚内的有害菌数量。可用生石灰进行地面处理，50千克/亩。也可通过药剂熏蒸的方法，如用百速烟剂，500克/亩，闭棚熏蒸时间在8-10小时。2.调控棚内环境。采取夜间放风的措施，加大通风量，满足平菇出菇需要。白天为菇棚创造散射光的环境即可，菇棚棚面可采用放“花帘”措施。3.药剂防治：可喷施农用链霉素5毫升＋50毫升绿风95＋绿芬威1号17克，既能防治细菌病害发生，又能促进下茬菇来潮，5天一次，连喷两次。