防治辣椒病毒病应遵循“防病先治虫”的原则。可通过遮盖防虫网避虫和药剂杀虫等措施，将害虫控制在点片发生阶段。有条件可以选择目数大于60目的遮虫网，药剂防治可于定植后喷施美国普利登鱼蛋白或美国藤奇400～500倍液，5～7天喷施一次,连续喷施3～4次，保障植株健壮生长，增强植株的抗病毒能力。对已经发生病毒的辣椒，可选用病毒灵或植病灵1000倍+藤奇或普利登鱼蛋白400倍+吡虫啉或一遍净1500倍，几种药剂混合后，全株喷施，5天一次，连续喷施3～4次。
目前防治病毒病没有“特效药”，针对病毒病的传播途径、发生规律，有许多的防治方法，大多采取喷药防治、防治蚜虫及加强田间管理等方法来防治病毒病。发生后可选用的药剂有：病毒唑、盐酸吗啉胍等能对病毒增殖过程有抑制和干扰作用，可加芸苔素兑水喷施，也可选用氨基寡糖素、菌毒清、新植霉霉素、植病灵或宁南霉素加三十烷醇，隔7天左右一次，连续2-3次。同时，也应根据田间蚜虫发生情况，选择啶虫脒、吡虫啉、吡蚜酮等药剂防治蚜虫，切断辣椒病毒病的传播。
辣椒病毒病防治选择抗病品种，开展病虫害防治，重点防治蚜虫等技术。
选择优质抗病毒品种实行轮作。
辣椒地可以配黄板，先治蚜虫，再防病毒病。
防治辣椒病毒病，选择抗病品种防治蚜虫为主。