肉鸭在养殖过程中最常见的病种是新城疫和禽流感。新城疫是由新城疫病毒引起的高度传染性疾病，可以导致肉鸭高死亡率和严重经济损失。因此，肉鸭养殖企业需要定期接种新城疫疫苗，以预防和控制这种疾病的发生。
禽流感是一种由禽流感病毒引起的急性呼吸道传染病。禽流感病毒的感染会导致肉鸭出现呼吸困难、咳嗽、打喷嚏等症状，严重的情况下还会导致肉鸭死亡。因此，在肉鸭养殖企业中，接种禽流感疫苗也是非常必要的。
另外，在肉鸭养殖中，还需要对肉鸭进行传染性法氏囊炎、大肠杆菌性肠炎、鸭瘟等疾病的接种。传染性法氏囊炎是由法氏囊炎球菌引起的疾病，主要表现为肉鸭的腹部肿胀、呼吸困难等症状。大肠杆菌性肠炎是由大肠杆菌感染引起的疾病，会导致肉鸭腹泻、食欲不振等症状。鸭瘟是一种高致病性的病毒性疾病，可以引起肉鸭的呼吸道感染、神经系统症状等。