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芹菜的病虫害有斑枯病、菌核病、叶斑病、细菌性软腐病、病毒病、蚜虫等病虫害。栽种时尽量选择抗病虫害能力强的芹菜品种，大棚栽种注意通风、光照、排积水等管理工作。
芹菜主要病虫害有叶枯病、早疫病、斑枯病、软腐病、病毒病、根结线虫病、缺钙心腐病、空心症、蚜虫、白粉虱、菜青虫、夜蛾等。出现病虫害要及时进行防治，将损失降至最低。
芹菜常见的病虫害有菌核病、病毒病、空心、叶柄开裂及缺硼、根腐病、软腐病、斑枯病、叶斑病。常见的虫害有蚜虫、斑潜蝇、菜蛾、跳甲类等。
芹菜主要病害有叶斑病、斑枯病、假黑斑病、菌核病、黄化病、软腐病、病毒病、根结线虫病、缺钙心腐病、空心症、茎开裂及缺硼症等。芹菜主要虫害有蚜虫、菜青虫、夜蛾类及地下害虫等。