病菌以菌丝体和分生孢子器在病残体、多年生茄科杂草上或附着在种子上越冬，成为翌年初侵染源。一般分生孢子器吸水后，器内胶质物溶解，分生孢子，借风雨传播或被雨水反溅到辣椒植株上，从气孔侵入，后在病部产生分生孢子器及分生孢子，扩大危害。病菌发育适温22-26摄氏度。12摄氏度以下28摄氏度以上发育不良。高温条件有利于分生孢子从器内溢出，适宜相对湿度92%～94%，若湿度达不到则不发病。如遇多雨天气，特别是雨后转晴及辣椒植株生长衰弱、肥料不是时容易发病。
在喀左县辣椒斑枯病发病率很低，基本上不怎么发生。在高湿的环境当中，辣椒容易发病，可以喷施叶枯噻唑锌进行防治。