喷施苯醚甲环唑或嘧鲜胺效果好。
在发病前未见病斑时开始喷洒50%速克灵可湿性粉剂1500倍液或50%扑海因可湿性粉剂1000倍液、75%百菌清可湿性粉剂600倍液、70%代森锰锌可湿性粉剂或干悬粉500倍液、80%大生可湿性粉剂600倍液均有实效，每667m2喷对好的药液60升，隔7～10天1次，连续防治3～4次。
防治西瓜最有效的方法是嫁接换根，用葫芦或新土佐等高抗枯萎病的葫芦科作物做砧木嫁接西瓜品种，只要注意彻底断掉西瓜根，苗子栽植时，不使嫁接口部位与土壤接触，就会有效地防止西瓜枯萎病的发生。对没有嫁接的自根苗西瓜，要坚持“以防为主、综合防治”的植保方针，认真抓好农业防治、生物防治等综合防治措施。