(1)严格检疫。尽量不从病区引进苗木、接穗。(2)严格清园。秋冬认真扫除落叶，剪除病枝，集中烧埋。发芽前喷40%福美砷可湿粉100倍液，铲除病源。(3)预测预报。可用孢子捕捉器监测。做法是用载玻片涂凡士林，绳拴悬挂于树枝上，距地1.3~1.5米，按地块近四角处及中心位置挂5片，每3天换1次，取下于显微镜下检查。孢子高峰日第四天，可见病斑小米粒大小；高峰日后第七天，田间发现第一块病斑，即应打药防治。
苹果斑点落叶病防治重在预防，结合栽培防治、物理防治、生物防治等措施，适时施用农药控制。
苹果斑点落叶病是轮斑病菌引起的真菌性病害，所以在秋冬季节做好清园工作，合理修剪，并增施有机肥，增强树势。在发病初期及时用药，可选用多抗霉素可湿性粉剂或异菌脲悬浮剂兑水喷施防治。