（1）选用无病种子。用52℃温水浸种60分钟，适当加大播种量。（2）加强栽培管理，每亩施用硼砂0.1-0.6公斤，喷施天达2116，可提高抗病性。（3）发病初期喷施96%“天达恶霉灵”粉剂3000倍液、70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液、75%百菌清可湿性粉剂1000倍液、25%嘧菌脂悬浮剂2000倍液、50%扑海因可湿性粉剂1500倍液、10%苯醚甲环唑可分散粒剂2000倍液等，连续防治2-3次，采收前7天停止用药。
菠菜心腐病发病原因与雨水多、积水、种植密度过大等因素有关，所以在种植时，应实行2年以上的轮作，并选择排水性好的土壤，生长中加强肥水管理，并及时排除积水。发病后选用福美双可湿性粉剂或百菌清可湿性粉剂等农药进行防治。
多雨潮湿，密度大易发生，轮作。