辣椒根腐病以厚垣袍子，菌核或菌丝体在土壤中越冬，成为第二年主要初侵染源，通过雨水或者灌溉水传播蔓延，播种定植过早，气温低，低温低于12℃发病重，可分为虫传播，接触传播两类。
以厚垣孢子、菌核或菌丝体在土壤中越冬，成为翌年主要初侵染源，通过雨水或灌溉水进行传播和蔓延。播种、定植过早，气温低，地温低于12℃发病重。其传播途径随其毒源种类不同而异，但主要可分为虫传和接触传染两大类。可借虫传的病毒主要有黄瓜花叶病毒、马铃薯Y病毒及苜蓿花叶病毒，其发生与螃虫和葫马的发生情况关系密切，特别遇高温干旱天气，不仅可促进蚜虫传毒，还会降低寄主的抗病性。传播辣椒病毒病的葫马有茶黄蓟马和棕榈蓟马。烟草花叶病毒靠接触及伤口传播，通过整枝打杈等农事操作传染。此外，定植晚、连作地、低洼及缺肥地易引起该病流行。
重茬辣椒根腐病原菌在黄瓜、番茄、莴笋、菠菜、小白菜等蔬菜上均可寄生，并且随病残体到土壤中的大量孢子可在土壤中存活3-5年，成为次年主要的侵染源。再加上日光温室、大棚常年连作重茬，致使土壤中菌量不断积累，导致辣椒根腐病严重发生。
根腐病在辣椒定植后始发，种植地低洼积水、田间郁闭高湿、植株茎节受蝼蛄危害伤口多、施用未充分腐熟土杂肥，会加重病情；连作地、低洼地、黏土地、植株根部受伤的田块发病重。老大棚和连年重茬栽培的，因土壤中病菌含量不断增加，发病加重。大棚内通气不良，高温高湿有利于病害发生。特别是灌水和培土后，土壤板结，根部通气不良时，会加速病害发生。
辣椒根腐病在辣椒定植后始发，高湿条件下极易发生，早春和初夏阴雨连绵、高温高湿、昼暖夜凉的气候有利于发病，春季、梅雨季多雨发病严重；种植地低洼积水、田间郁闭高湿、植株茎节受蝼蛄危害伤口多、施用未充分腐熟土杂肥，会加重病情；连作地、低洼地、黏土地、植株根部受伤的田块发病重。
早春和初夏阴雨连绵，昼暖夜凉的天气有利发病，植地低洼积水，田问郁闭高湿.茎节受蛞蝓为害伤口多或施用未充分腐熟的土杂肥，会加重发病。
辣椒根腐病病原为腐皮镰孢霉，属半知菌亚门真菌。病原菌以菌丝体和厚垣孢子在病残体上越冬，翌年产生分生孢子，借雨水或流水传播，从伤口侵入植株，染病植株病部不断产生分生孢子进行再侵染。辣椒根腐病在辣椒定植后始发，高湿条件下极易发生，早春和初夏阴雨连绵、高温高湿、昼暖夜凉的气候有利于发病，春季、梅雨季多雨发病严重；种植地低洼积水、田间郁闭高湿、植株茎节受蝼蛄危害伤口多、施用未充分腐熟土杂肥，会加重病情；连作地、低洼地、黏土地、植株根部受伤的田块发病重。
病菌喜温暖潮湿的环境。适宜发病的温度范围为10-35℃；最适发病环境，温度为18-28℃，相对湿度90%以上；最适感病生育期为始花至座果期。发病潜育期5-7天。
辣椒根腐病在地势低洼、排水不良、田间积水、连作及棚内滴水漏水、植株根部受伤的田块发病严重。年度间春季多雨、梅雨期间多雨的年份发病严重。
如果早春至初夏遇到连续阴雨天气且昼夜温差大，最有利于病情发展蔓延。棚室管理时如果环境出现高温高湿，白天过热而夜间气温偏低，容易发生病害。大棚内滴水漏水地块也容易发病严重。种植地块低洼易积水，降雨后排水不及时，发病严重。重茬连作地块发病严重。田间管理粗放，田间郁闭情况下，极易形成高温高湿环境，有利于发病。地下害虫为害伤口多或施入未充分腐熟的农家肥也利于发病。