黄瓜根结线虫病主要危害在黄瓜的侧根和须根。须根或侧根染病，产生瘤状大小不一的根结，浅黄色至黄褐色。解剖根结，病部组织中有许多细长蠕动的乳白色线虫寄生其中。根结之上一般可以长出细弱的新根，在侵染后形成根结肿瘤。轻病株地上部分症状表现不明显，发病严重时植株明显矮化，结瓜少而小，叶片褪绿发黄，晴天中午植株地上部分出现萎蔫或逐渐枯黄，最后植株枯死。
黄瓜根结线虫病主要危害植株地下根部，多发生于侧根和须根上，形成结疖状大小不等的瘤状物，瘤状根结初期白色而光滑，后转呈黄褐色至黑褐色，表面粗糙乃至龟裂，严重时腐烂。