生理性病害又称非侵染性病害，是栽培管理不当或环境条件不适而造成的生长发育不正常，影响产量和品质，严重者也可死亡。生理性病害发病整齐，无侵染过程，往往是成方连片发生，是目前温室黄瓜生产的主要问题。
1、生理性缺钙：伸蔓期普遍发生，容易造成生长点生长不良。一般在黄瓜9叶期至14叶期容易出现，发病时上位叶形状稍小，向内侧或外侧卷曲，生长点附近的叶呈杯状，叶缘卷曲枯死，严重时生长点粘连坏死，潮湿时，易受病菌侵染，表面出现灰黑色霉层。防治方法：（1）合理轮作，增施有机肥；配方施肥；小水勤浇。（2）定植缓苗后至伸蔓期喷洒含钙肥料如氨基酸钙溶液、腐殖酸钙、生物钙肥300～400倍液喷雾，每周2次。
2、生理性缺硼：黄瓜生长点附近的节间明显缩短（龙头萎缩），生长极为缓慢，表现“秃头”，瓜条出现蜂腰，上位叶叶片深绿外卷，叶缘呈褐色，叶脉萎缩而使叶片皱缩，叶脉间不黄化，根系不发达。防治方法：（1）科学施肥，以秸秆肥、腐熟的家禽粪等有机肥为主。（2）叶面喷施0.1%～0.2%速乐硼水溶性溶液。
3、生理性花打顶：花打顶，也称“瓜打顶“。瓜秧迟迟不拔高，近生长点的几节节间极短，叶片密集在一起，叶色较深，心叶停滞生长，顶端出现几个小瓜扭，有时夹有雄花蕾。小叶、小瓜扭、花把生长点包起来。防治方法：（1）烧根引起的花打顶，应及时浇水，中耕，保持适宜的土壤水分，不久即可恢复正常。（2）沤根出现花打顶时要停止浇水，及时中耕，设法提高地温达到10℃以上，等逐渐恢复正常发育后再转为平常管理。（3）夜温过低时，要设法维持前半夜的室温在15℃左右，下半夜室温降至10℃左右即可。（4）地膜覆盖，避免中耕伤根。追肥采用冲施液肥，避免挖坑伤根。