选用安克或普力克、阿米西达、霜脲锰锌、抑快净等药剂进行喷洒防治。
防治靶斑病要采取以下措施:用55℃温水浸泡黄瓜种子和嫁接用的黑籽南瓜种子30分钟;与芹菜、水萝卜、烟草、苦瓜或非瓜类作物轮作两年以上并注意彻底清除田间病残株并随之深翻土壤;避免偏施氮肥,增施磷、钾肥,适量施用硼肥。
可用苯醚甲环唑类农药治疗黄瓜靶斑病,噻唑锌类杀虫剂防治黄瓜的效果更好。
一旦发病要及时用药剂防治，可选用35%氟菌·戊唑醇悬浮剂用20～25毫升/亩，或42.8%氟菌·肟菌酯悬浮剂15～25毫升/亩，或30%苯甲·嘧菌酯悬浮剂40-80毫升/亩等药剂，选择晴天上午对全株叶片均匀喷雾。一般每7天喷一次，连喷2～3次，即可有效控制靶斑病的危害和蔓延。
由于病菌侵染率高，因此要做好早期防护，重点喷中、下部叶片，交替用药。可用25%阿米西达悬浮剂1500倍液、0.5%氨基寡糖素400～600倍液、60%百泰水分散粒剂3000倍液、40%腈菌唑乳油3000倍液等喷雾。每7～10天喷1次，连喷2～3次，在药液中加入适量的叶面肥效果更好。
防治靶斑病的药剂不同于防治霜霉病和细菌性角斑病的，可以选择的种类较多，包括广谱杀菌剂代森锰锌、多菌灵、甲基硫菌灵、百菌清；三唑类药剂丙环唑、苯醚甲环唑、氟硅唑、戊唑醇，咪唑类杀菌剂咪鲜胺、氟菌唑，甲氧基丙烯酸酯类药剂醚菌酯、吡唑醚菌酯；二甲酰亚胺类药剂异菌脲以及喹啉铜、阿米西达等。同时要尽可能减少用药次数，轮换使用不同类型的药剂和使用复配药剂。