秋季花卉病虫害的种类主要有：叶斑病、黑斑病、炭疽病、枯萎病、自粉病、介壳虫、蚜虫、蓟马、天牛、木蠹蛾、粉虱、斑潜蝇、螨类(红蜘蛛、跗线螨)、线虫等。叶斑病主要为害茶花、桂花、榆树、兰花、凤梨、罗汉松、散尾葵等，一般病叶率为15-30％，重的达50％以上。黑斑病主要为害月季、玫瑰、菊花等，花卉受害较普遍，其为害率一般为20-40％。炭疽病为害花卉种类多，常见的受害花卉有兰花、万年青、茶花、米兰、九里香、橡皮、白兰花、君子兰、竹芋类、棕榈科花卉等，花卉叶片受害率为10-30％，严重的在90％以上。白粉病为害紫薇、芍药等，枯萎病为害棕榈科花卉(苗期)、菊花等。
介壳虫是发生较普遍的虫害，常为害苏铁、散尾葵、白兰、桂花、茶花、含笑、九里香、榕树、榆树、福建茶、棕竹等。在种植密度大、荫蔽度高的环境下发生重，若防治不及时易造落叶、枯枝，甚至植株死亡。螨类害的花卉种类很多，常见的有柑类、榆树、万寿菊、月季、玫瑰、铁、竹类等。秋季是螨类为害能峰期，必须使用对口农药及时治。另外，蓟马常为害细叶榕等。牛、木蠹蛾在移栽届的榕树、优枫、苏铁等植物的粗大枝干上钻蛀为害，一般为害株率为10－40％。粉虱、蚜虫、斑潜蝇主要为害菊花药、杜鹃等。线虫发生较普遍，且易被发现，为害对象主要有万年棕榈科类、菊花等。
花卉病虫害防治应以预防为主，尤其值得注意的是应避免污染源导致病害的流行。另外，必须对症下药，及时防治。
花场内要及时清理病残枝使用干净的水源浇灌花卉，合理安排场中花卉品种的种植布局，以减少病虫源的反复感染和相互传播。