加强栽培管理，实行轮作，栽种前进行土壤消毒，同时用65%代森锌可湿性粉剂300～400倍液将种苗浸泡10～12分钟然后再栽种。栽植时不宜过密，生长期间不要偏施氮肥。
发病初期及时摘除病叶、枝、芽和带病的花蕾，然后喷洒50%代森铵800～1000倍液。喷药重点除患部外，还有土壤表面。每隔15天左右喷一次，连续喷2～3次，即能取得良好防治效果。
药剂防治:在配好的蘸花药液里加入0.2%～0.3%的50%多·霉威可湿性粉剂，或50%福·异菌可湿性粉剂，或65%甲硫·霉威可湿性粉剂后进行蘸花或喷花。在花期和果实膨大期每667米2用65%甲硫·霉威可湿性粉剂21千克喷粉防治，7～10天1次，共3～4次。也可采用一些生物农药，如木霉菌可湿性粉剂600～800倍液、2%武夷菌素水剂150倍液等。
药剂防治。发病初期及时摘除病叶、枝、芽和带病的花蕾，然后喷洒50%代森铵800～1000倍液。喷药重点除患部外，还有土壤表面。
番茄灰叶斑病只为害叶片，发病初期叶面布满暗色圆形或不正圆形小斑点，后沿叶脉向四周扩大，到后期会破裂，穿孔甚至脱落。可用10%苯醚甲环唑水分散粒剂1500倍液+70%甲基托布津可湿性粉剂600倍液、25%嘧菌酯悬浮剂1500-2000倍液、25%阿米西达悬浮剂1500倍液、10%苯咪甲环唑1500倍液、64%杀毒矾400倍液、52%抑快净水剂1800倍液、75％达科宁可湿性粉剂600倍液、80％大生可湿性粉剂600倍液喷雾防治，每隔7～10天喷1次，连续2～3次。
灰霉病，持续低温、阴天、高湿、光照不足、通风不及时等均会引起灰霉病的发生，保持棚内温度和光照，适当降低田间湿度，可以在点花药中添加腐霉利等药剂进行预防，发生初期及时摘除病叶、病果并用药，可选用啶酰菌胺、腐霉利、异菌脲、啶菌噁唑、氟菌·肟菌酯等药剂进行防治，注意药剂的调换使用，以免产生抗性。
灰霉病：预防：施佳乐600倍或扑海因800倍，使用安全，预防效果佳。治疗：露娜森1500倍+锐效嘉1500倍，目前防治灰霉最有效的药剂，持效时间达20天以上。注意：在番茄沾花药剂中加入扑海因，每斤水加入扑海因2ml，能起到预防灰霉病侵染果实的目的。
药剂防治。发病初期及时摘除病叶、枝、芽和带病的花蕾，然后喷洒50%代森铵800～1000倍液。喷药重点除患部外，还有土壤表面。每隔15天左右喷一次，连续喷2～3次。
棚室栽培在发病初期，喷撒5％加瑞农粉尘剂，或7％防霉灵粉尘剂，或5％灭霉灵粉尘剂，用量为每667平方米每次1千克；也可以每667平方米用15%克菌灵烟霉剂（速克灵十百菌清）200克熏治。
番茄灰霉病，用75%百菌清800倍液，50%多菌灵500倍液，75%甲基托布津800倍液，45%特克多（噻菌灵）悬浮剂3000倍液，60%防霉宝超微粉剂500倍液，2%武夷菌素（BO－10）水剂150倍液，以上药剂交替使用，每5天1次，连续喷洒2—3次。