发病初期可用50％多菌灵可湿性粉剂500倍液、65％代森锰锌可湿性粉剂500倍液、70％百菌清可湿性粉剂800倍液、20％三唑酮乳油3000倍液或50％苯菌灵可湿性粉剂1500倍液喷雾防治。发病中期可用98％恶霉灵2000～3000倍灌。根。
⒈选用抗病品种。⒉轮作换茬。⒊清洁田园。⒋使用包衣种子。⒌加强栽培管理。⒍药剂防治。发现零星病株可用（甲霜灵*恶霉灵400倍液或多菌灵500倍）液喷根茎或灌根+农用链霉素喷雾灌根茎部，每隔7-10天喷1次，连治2-3次，有较好的治疗效果。
玉米茎腐病防治，选用抗病品种，增施用酵素菌沤制的有机肥和磷钾肥，清除病残体，倒茬轮作，适期播种，合理密植，加强肥水管理，使用包衣种子，发病初期用氯溴异氰尿酸等农药喷施防治等。
在玉米生产上引起茎腐病的原因有多种，重要的一类是型茎腐病，茎基腐病是由多种病原菌单独或复合侵染造成根系和茎基腐烂的一类病害，主要由腐霉菌、炭疽菌、镰刀菌侵染引起，在玉米植株上表现的症状就有不同。
选用抗病自交系，培育抗病杂交种是首要防治措施。引致茎腐病的病原物都是弱寄生菌，保能侵染生长势较弱的植株。加强栽培管理，合理施肥，合理密植，降低土壤湿度等措施可以使植株健壮，减少茎腐病。合理轮作，深翻土地，清除病残和不施用未腐熟的有机肥，可以减少田间菌源，达到一定的防治效果。
采用先进科学的农业培管措施，有目的地创造有利于生长结果的环境条件，增强长势，提高抗性；同時创造不利于病虫害发生发展的抑制条件和减轻病虫草害危害的程度。这是最经济、最基础的防治措施。
玉米秆腐病是由真菌引起的一种重要病害，要防治秆腐病，在播前可以使用福尔马林浸种后播种，并在玉米抽穗期使用多菌灵可湿性粉剂或苯菌灵乳油进行喷施防治，可以间隔7至10天喷一次。
合理轮作，深翻土地，清除病残和不施用未腐熟的有机肥，可以减少田间菌源，达到一定的防治效果。发病初期用天达裕丰2000-2500倍+农用抗菌素12072%链霉素3000倍+30%甲霜恶霉灵1000倍喷施基部2-3次。
预防茎腐病需秋季清扫园地，将病枝剪下集中烧毁，消除病原。还可以在3-8月份可喷药防治，发病初期分别在作物上喷施38%恶霜嘧铜菌酯1000倍液、30%甲霜·恶霉灵800倍液或者福美双500倍药液。
选择抗病品种。玉米收获后清除田间病残体。合理密植，及时防治粘虫玉米螟和地下害虫。控制传染途径。合理轮作。发病初期喷根茎，可用50%速克灵可湿性粉剂1500倍液，50%多菌灵可湿性粉剂500倍液。七至十天喷一次。连续二至三次。