在球虫病流行季节，应以药物进行预防。如氯丙啉以每千克体重5毫克，每日口服，连用21天；莫能菌素，每千克体重1毫克混合于饲料内服用，连用几天。
应采取隔离、治疗、消毒的综合性措施。成年牛多为带虫者，应与犊牛分开饲养，放牧场也应分开。每周用沸水，3%～5%热碱水或1%克辽林对地面、牛栏、饲槽、饮水槽等进行消毒一次。变换饲料种类时，注意逐步过渡，不可突然。加强营养，饲料多样化，增强机体抵抗力。何时还可进行药物预防。
牛球虫病预防应从以下四方面着手：①犊牛与成年牛分群饲养，以免球虫卵，囊污染犊牛的饲料；②舍饲牛的粪，便和垫草需集中消毒或生物热堆肥发酵，在发病时可用1%克辽林对牛舍、饲楕消毒，每周一次；③被粪便污染的母牛乳，房在哺，乳前要清洗干净；④添加药物预防，如氨丙啉，按O．004%一0．008%的浓度添加于饲料或饮水中；或摩能霉素按每千克饲料添加0．3克，既能预防球虫又能提高饲料报酬。
该病的防治措施主要是：（1）加强消毒。在流行期间用3%～5%热碱水或1%克辽林对地面、牛栏、饲槽等进行消毒。（2）注意隔离。（3）在饲料和饮水中，添加氨丙啉，每天每千克体重5毫克量连用21天。（4）对病牛用磺胺二甲嘧啶每千克体重100毫克内服。