大棚蔬菜施用化肥施用不当，常造成肥效降低、肥害产生等影响，应引起重视。
一、棚内铵态氮肥不宜用。碳铵施用后会挥发出大量氨气，对蔬菜生长不利；硫铵是生理酸性肥料，施用后会增加土壤的酸性。碳铵是冬暖大棚蔬菜追肥的速效肥料，即使在5℃的土温时，也能转化分解被作物吸收利用，但施用时应注意深施，一般在离蔬菜根茎8-10厘米处开10厘米深的沟，撒施后用土盖严，可提高利用率10%-30%。
二、单用磷酸二铵不可取。蔬菜需要大量的氮和钾，需要磷比较少。比如说，茄子需要的氮磷钾之比为3∶1∶4，黄瓜为3∶1∶10，番茄为6∶1∶12等。磷酸二铵含氮18%、含磷46%，不含钾，所以大棚是不适宜多施用磷酸二铵。另外应注意，磷酸二铵不得与草木灰等碱性肥料混合施用，以免引起氨的挥发，造成氨害。
三、分散施磷效果差。磷容易被土壤吸收固化，失去肥效，因此磷肥适合作基肥或在蔬菜前期集中施于根系密集的土壤中，一般在移栽行开8厘米深沟，撒入磷肥后覆土4-5厘米，然后在浅沟内移栽蔬菜，缩短磷肥与作物根的距离来弥补磷移动性小的弱点。与有机肥混合堆沤后施用效果最好。
四、后期追钾量大效益低。蔬菜一般在开花前后需钾较多，以后逐渐减少，后期大量施用钾肥会造成钾的利用率明显降低，浪费肥料。
五、铁肥入土效果差。铁很容易被土壤固定转化成难溶性化合物而不能被作物吸收利用而失去肥效，因此在大棚施用铁肥最好采用叶面喷施。可用0.1%-0.3%的硫酸亚铁溶液均匀喷洒在蔬菜叶面上。同样的道理，冬季将稀土微肥直接施入土壤中也是一种误区，最好的施用方法是用0.05%-0.07%的稀土微肥溶液喷洒在叶面上，每亩喷肥液50-75公斤。