此病由真菌子囊菌亚门甜瓜球腔侵染引起。病菌主要以分生孢子器或子囊壳随病残体在土壤中越冬，种子也可带菌传播。翌春条件适宜时，病菌从水孔、气孔、伤口等处侵入，引起发病。病菌喜温暖、高湿条件，适宜温度20-25℃，相对湿度85%以上。保护地栽培通风不及时、种植密度过大、光照不足、空气湿度过高时发病重。露地栽培主要在夏秋雨季发生，雨日多，或忽晴忽雨，天气闷热等气候条件下易流行。平畦栽培、排水不良、缺肥以及瓜秧生长不良等情况会加重病情。浙江及长江中下游地区黄瓜蔓枯病发病盛期5-6月和9-10月。此病菌还危害西瓜、甜瓜、香瓜、丝瓜等多种瓜类。
病原物主要以分生孢子器、子囊壳随病残体在土中或附在种子、架杆、温室、大棚棚架上越冬。次年春天，产生子囊孢子和分生孢子，通过雨水、灌溉水及气流传播，从气孔、水孔、伤口侵入。种子带菌导致子叶染病。