一、多菌灵对毛霉、根霉的防治效果较差，在使用多菌灵时应适当提高培养料的PH值，以抑制毛霉、根霉的生长。由于多菌灵耐高温，使用时最好将培养料进行高温灭菌处理，以杀灭霉菌。银耳、猴头菇对多菌灵特别敏感，要避免使用。
二、用多菌灵拌料时一定要严格控制药液的浓度。生产中使用的多菌灵一般为含量50%的粉剂，用量以占干料重的o.1%为宜。若加大用量，不但成本会增加，还会影响到菌丝的生长，导致子实体污染。拌料时要先把药剂溶入足量的水中充分搅拌均匀，拌入料后还要再进行充分搅拌，使其充分混合均匀，以免发生点片污染。
三、多菌灵在碱性环境中容易分解失效，因此拌料时不能同时使用石灰。另外，多菌灵还易使杂菌产生抗药性，对多菌灵的敏感性下降，造成对杂菌的杀菌效果不好，所以应避免长期使用，在使用时应注意与其它杀菌剂交替使用。