软腐病病原是葡枝根霉，属结合菌亚门真菌。该菌存在于空气中，或附着在被害薯块上，或在贮藏窖内越冬。薯块处在温度15℃～25℃、相对湿度在75%～85%环境下最适宜该菌繁殖。薯块有伤口时或甘薯受冻后最容易感染而发病。
菌丝初无色，后变暗褐色，形成甸甸根，无性态由根节处簇生孢囊梗，直立，暗褐色，顶端着生球状孢子囊1个，囊内产生很多暗色圆形孢子，单胞，大小11—14um，由匍匐根的根节处又形成孢囊梗，致很多薯块污染产生一片片霉菌；有性态产生黑色接合孢子，球形表面有突起。
地瓜软腐病病原匍枝根霉(黑根霉)，属接合菌亚门真菌。菌丝初无色，后变暗褐色，形成甸甸根，无性态由根节处簇生孢囊梗，直立，暗褐色，顶端着生球状孢子囊1个，囊内产生很多暗色圆形孢子，单胞，大小11—14um，由匍匐根的根节处又形成孢囊梗，致很多薯块污染产生一片片霉菌；有性态产生黑色接合孢子，球形表面有突起。