大豆紫斑病的发生和流行与菌源量的多少及温度的高低关系很大。种子带菌率高，子叶被害重；感病子叶又为田间发病提供侵染来源。病菌可在带病植株残体上越冬，故大豆连作的田内菌源多病害也重。该菌要求的温度较高，结荚期温度25.5-27℃，再有多雨，大豆紫斑病发生重。
病菌以菌丝体潜伏在种皮内或以菌丝体和分生孢子在病残体上越冬，成为翌年的初侵染源。如播种带菌种子，引起子叶发病，病苗或叶片上产生的分生孢子借风雨传播进行初侵染和再侵染。大豆开花期和结荚期多雨，气温偏高，均温25．5～27℃，发病重；高于或低于这个温度范围发病轻或不发病。连作地及早熟种发病重。