加强水肥管理及病虫害防治。
病菌的菌丝体和厚垣孢子在病残体或土壤中越冬，种子也可带菌越冬。病原菌可在土壤中存活3-5年，土壤中的病菌翌年萌发产生分生孢子直接侵染植株根及根茎部。分生孢子也可随雨水、灌溉水传播，从伤口侵入致病，病菌不断产生分生孢子进行再侵染，带菌种子萌发直接侵染幼苗。
辣椒根腐病发生原因很多，如低温高湿，施用未腐熟有机肥等。大多是由于土壤水分大，土壤含氧量小引起的。
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主要是高温高湿情况容易发病。
地膜覆盖覆盖地膜可提高地温1℃～2℃，保墒提墒，但应注意的是冬季不宜全畦覆盖地膜。日光温室内白天靠阳光升温并在土壤中储热，夜间靠土壤中储存的热量缓慢向室内空间散出保温，若全畦覆盖，势必会阻止土壤中储存的热量向外散出，导致夜温地温偏低，一般10厘米地温降低1℃左右。在冬季，可在人行道覆盖碎稻草或草木灰(储热吸湿)，并进行多次中耕，可提高地温2℃左右。
病菌喜温暖潮湿的环境。适宜发病的温度范围为10-35℃；最适发病环境，温度为18-28℃，相对湿度90%以上；最适感病生育期为始花至座果期。发病潜育期5-7天。
辣椒根腐病发病条件：一是受病菌感染所致；二是x浇水太多或水淹秧苗了。
辣椒根腐病通常是积水造成的。
加强水肥管理，做好病虫害防治。