芹菜枯萎病由芹菜壳针孢真菌侵染引起。病菌主要以菌丝体潜伏在种皮内或附着在种子上，也可在病残体和采种母根上越冬。种皮里病菌可存活1年多，引起幼苗染病，病部产生的分生孢子在育苗哇内传播蔓延。
芹菜斑枯病为一种真菌性病害，低温高湿有利于该病的发生，该病在温度20℃～25℃、湿度为95%以上适宜发生，在连阴天，气温波动频繁或日间燥热，夜间结露，植株生势弱，灌水较多，通风排湿不及时常可导致病害的迅速扩大和蔓延。
芹菜叶枯病发病规律：播种带菌种子，出苗后即染病，产出分生孢子，在育苗畦内传播蔓延。在病残体上越冬的病原菌，遇适宜温、湿度条件，产出分生孢子器和分生孢子，借风或雨水飞溅将孢子传到芹菜上。遇有水滴存在，孢子萌发产出芽管，经气孔或直接穿透表皮侵入植株，经8天潜育，病部又产出分生孢子进行再侵染。病菌在冷凉天气下发育迅速，高湿条件下也易发生，发生的适宜温度为20～25℃，相对湿度为85%以上。芹菜最适感病生育期在成株期至采收期，发病潜育期5～10天。最适感病生育期为成株期至采收期。